继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
某海岛上发现疑似南越遗址,相传可能是南越丞相吕嘉的藏宝之处。台风将至,耳力超凡的野外生存专家吴痕受南越史学家顾临的邀请帮助考古队抢修文物,却意外发现与吕嘉年代相去甚远的洞窟,并由此踏上冒险旅程,一桩千年历史秘闻将浮出水面。
