故事发生在车水马龙充满了无数时尚潮流元素的原宿。在这里，有一间名为“PARK”的商店。温柔体贴不善于表达自己的感情的须藤璃都（春奈露娜 配音）、极具个性拥有自己的主见不轻易动摇的白子真理（上坂堇 配音）和智商超高容易陷进自己的世界之中无法自拔的绵䌷琴子（石见五菜香 配音）共同经营着这间商店。让三人没有想到的是，有一天，竟然真的发生了外星人进攻地球的戏码，不仅如此，人类还处于劣势，险些一败涂地。这时，一位名叫丸野美沙（天野心爱 配音）的神秘少女出现在了三人的面前，非常热爱原宿风格的她以及三名少女，似乎成为了人类最后的希望。
遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题。找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。
