故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。 平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。
主人公心奇是一个8岁的男孩，他十分热爱自然生物和小恐龙。他的梦想是成为最强的驯龙斗士。为此，他要到三个道馆参加考核，考取赤铜级资格。他和好搭档霸王龙，以及好朋友海月、小豪和罗拉组成团队，一起前往神秘的恐龙森林展开冒险。一路上，他们遇到各种各样的小恐龙，他们主动接触、了解这些小恐龙，并用恐龙们喜欢的方式和它们相处。但森林中，也有一群喜欢用强硬手段捕捉恐龙的猎人——狩猎队。他们看上了霸王龙的力量，想利用这股力量来做研究。为了捉住霸王龙，他们派出了强化龙来对付心奇他们。而心奇和朋友们也用全新的力量，把各自的恐龙伙伴进化成龙人形态，对抗狩猎队的强化龙。在这个过程中，他们也从狩猎队手上拯救了很多小恐龙。
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彩虹庆典即将到来，小马镇的每个人都在准备并等待着本季的第一道彩虹。与此同时，在魔法之城独角兽，车厘子正在教一只名叫瑞瑞的年轻独角兽小马如何成为彩虹公主，以及她要用魔杖制作本季第一道彩虹的职责。瑞瑞还小，她不小心使用了魔杖，魔杖将她传送到了微风花丛的中心。车厘子、Brights Brightly 和 Whistle Wishes 冒险离开独角兽镇去寻找她。瑞瑞和微风花丛成为朋友，他们参观了小马镇，后来瑞瑞想家了。萍琪派、明蒂、云宝黛茜、斯派克和微风花丛帮助她回家，正好赶上本季的第一道彩虹。
当一条拥有美妙歌喉的音乐龙催眠了赫茨加洛的龙和人民时，救援骑士们必须找到一种方法来解除魔咒。
