故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。
电影《小强大战外星人》讲述了王宁饰演的“公务员”杨小强和修睿饰演的王胖子，为了追求李梦饰演的刘芬芬而勇斗富二代，导致双双下岗，从“公务员”沦落为街头屌丝。机缘巧合下，两人竟发现一个惊天阴谋——情敌富二代扮演的外星人是假的，但真的外星人也来了。而且，外星人入侵地球使用了高科技生化武器。
