在他们迷失在另一个维度之后，拉泽团队再次联合起来对抗新的威胁。
继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
本片讲述在遥远的古代，一颗常年发生战争的星球上的故事。创世主和他的GARM战士们以及他们视作神圣的狗古拉，还有鸟生活在这里。GARM在肉体覆灭之后可以通过转移个体记忆的方法生生不息。在创世主离开星球之后，三个部族为了争夺霸权展开战斗。一天，从天而降的科伦巴部族女飞行员卡拉，在与地面部族布利嘉的士兵战斗时，和操作情报的部酷木塔库的老人韦德相遇。我们到底来自何方要去何处？韦德提出的不可思议的问题，让敌我双方都产生了奇妙的联系。三人为了寻找GARM的真相展开冒险之旅。但这其实是触怒神灵的行为。
和叔叔婶婶一起生活的瑞克（德雷克•贝尔 Drake Bell 饰）算得上是一个标准的失意路人甲了，他暗恋同班的邻家美女吉尔（萨拉•帕克斯顿 Sara Paxton 饰），但在吉尔狂妄的男友兰斯面前却感到自己毫无机会。在班级旅行中，瑞克一班人参观了动物基因实验室，擅于把所有事情搞砸的瑞克被经过基因改造的蜻蜓咬啮，从此拥有了超人的能力：不死之身外加具有吸附力的身体。与此同时，兰斯的叔叔兰德斯（克里斯托弗•麦克唐纳 Christopher McDonald 饰）掌控的医疗中心正在加紧研制人类基因改造技术，罹患绝症的兰德斯借助该技术令自己获得新生，但代价是吸取别人的生命才能维系自身存活。瑞克经历了超人学院后勉为其难开始了自己的城市英雄生涯，他与代号“沙漏”的恶徒兰德斯之间必有一战……
