日本的某处、被美丽的大自然所包围的山间小镇。在这样的镇上，设立着一所自然而亲切的巨大绚烂豪华学校，私立乙桥学校。通过学园中平凡的少女来栖川姬子为中心，故事开始了。作为名门的大小姐，文武双全、才色兼备，没有恶习的性格、作为学院的偶像的姬宫千歌音，还有姬子的青梅竹马，有点没用但却很诚实的大神相马。姬子被两位伙伴包围着，明亮而快乐的学员生活。姬子16岁的生日来临了，三人的命运也开始了变化
1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。 与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。 一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。 日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。
