“九龙的血统”曾在香港引起了一场混乱，英雄“银月”望月次郎成功地终结了那次“圣战”，但却失去了最爱的恋人……然而，换来的宁静却是如此的短暂…… 十年后，当次郎和弟弟小太郎再次回到“特区”时，亡灵们苏醒了。当在圣战中存活下来的“九龙的血统”与香港的英雄们再次相会时，人类（RED BLOOD）和吸血鬼（BLACK BLOOD），所有的血将会融在一起…… 赤黑相交的生与死，一个超越一切的吸血鬼故事开始了……
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
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