故事是发生在第一集的七年后，上一集里的主人公安尼的妹妹萨曼莎和她最好的朋友科利现在都已经18岁了，他们正计划着一次前往LA的公路旅行。但在路上，他们看到了奇异的景象......
某个平凡的傍晚，大学生玄野计（二宫和也 饰）在电车站重逢初中时代的好友加藤胜（松山健一 饰）。为了救助一个跌落铁轨的男子，他们二人遭到电车的强烈撞击。然而转眼之间，他们便毫发无损地来到一间密闭的屋子内...
该片讲述了IF公司的研究基地在研发期间突然集体失联，项目负责人刘超带领科考小队深入地底矿脉进行调查，项目组田教授之子田力为寻找同样失联的女儿妞妞加入小队，一行人深入实验室发现项目组创造的改造蜂失控并袭击了实验室所有人，而营救妞妞的田力与队员也遭遇了一场惊心动魄的惊险之旅。
小埃利奥特（亨利托马斯）发现一个意外走失的小外星人，他悄悄的收留了小外星人，并把他介绍给自己的哥哥和妹妹。孩子们与外星人友好的相处，给他吃巧克力，带他去郊外寻找家人留下的痕迹，并为小外星人的种种特异功能兴奋不已。渐渐的埃利奥特与外星人之间形成了某种奇妙的联系，跨越了言语沟通的障碍。
