在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅加尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅加尔袭击中下落不明的姐姐，李星澜以候补生的身份加入了最前线的AG部队。
星元122年――这是众多企业扩展至宇宙，并构筑了巨大经济圈的时代。从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利，作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员，过着充满邂逅和刺激的学园生活。奎达工厂事件两周后，斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。与此同时，米奥莉奈在贝纳里特集团本部照看着父亲。向二人袭来的新的困难与迫近的决断。少女们胸怀各自的感情，面对高达带来的强大诅咒。
