在神秘的南极冰层里，发掘出星际之门建造者遗弃的基地。星际之门亚特兰蒂斯小队应召执行一次冒险性最大的星际之门任务——前往遥远的天马星系。亚特兰蒂斯小队遭遇古代人类文明的袭击...包括不断威胁人类生命无处不在的新敌人——The Wraith.Elizabeth Weir博士是亚特兰蒂斯小队的队长，她是一个外交关系专家。她拥有出色的政治才能，但在军事上喜欢虚张声势，在军队里面担任少校之职。John Sheppard是一个天资聪颖的驾驶员。陆军少尉Aiden Ford担任副驾驶员，他是一个年轻热情的军官。Rodney McKay博士是一个聪明机智的天体物理学家，曾在星际之门司令部任职。飞船上还有一位朋友——Teyla，她是天马星系Arhosian人年轻漂亮的领袖，与亚特兰蒂斯小队一起跟The Wraith战斗。在新的一季中加入了许多新面孔，他们之中最引人注意的是Ronan Dex，一个为了捍卫自己的星球而与The Wraith抗争7年的天马星系人。还有地球最新型的银河战斗巡洋舰Daedalus--代达罗斯号的司令官，Steven Caldwell上校。新的一季新的冒险，Atlantis的冒险再度归来，带领你探索深奥的宇宙.

第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。

一名疑似自杀的受害者手中仍握着枪，一名送花女子在太阳马戏团表演中被压死，这起事件被怀疑是一起谋杀。

杰洛（麦克思·明格拉 Max Minghella 饰）是一个热爱绘画，一心想成为著名画家的艺术青年，可是，当他如愿以偿进入了艺术大学之后才发现，眼前的一切和想象中相去甚远。在专业课堂中，认真勤奋的杰洛并不是老师最得意的学生，反倒是看上去呆头呆脑的约拿（马特·基斯拉 Matt Keeslar 饰）受到了老师的肯定。更让杰洛感到苦恼的是，自己所爱上的人体课的模特奥黛丽（索非亚·迈尔斯 Sophia Myles 饰）似乎对约拿产生了好感。学校里发生了血腥的连环杀人事件，但这并不在杰洛的关注范围之内。年度考核临近，创作出优秀作品的学生即可获得在著名画廊举办个展的机会。作品屡遭否定的杰洛无奈之下找到了落魄画家吉米（吉姆·布劳德本特 Jim Broadbent 饰）并盗用了他的作品，没想到，正是吉米的画作让杰洛成为了警方缉拿的对象，而约拿警察卧底的身份也随之浮出了水面。

　　一个专门针对BAU小组的变态杀手出现了，为小组成员设置了一系列规则，他们争分夺秒追踪一个又一个线索，以拯救一个人质女孩的生命，上一季的悬念留在本季第一季解答。这一季中，BAU小组成员们除了利用行为分析方法侦破连环杀手案件，也被触及更多私人生活，如瑞德博士（马修·格雷·古柏勒 Matthew Gray Gubler 饰）与身处精神病院母亲的关系；阿伦·哈奇（托马斯·吉布森 Thomas Gibson 饰）的婚姻问题等，还有艾尔·格林威（劳拉·格劳迪尼 Lola Glaudini 饰）令人遗憾地失职离开，不过也有作风强悍的新美女成员艾米莉·普莱提斯（佩吉特·布鲁斯特 Paget Brewster 饰）成为团队新血……