照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

突然间，这个世界被分成了四个，景和，妳音，道长，兹穆丽被飞进这四个不同的世界里，而且在这个看起来不一样的世界里，他们遇见了四个怎样看都不对劲的英寿，英寿竟然被分裂成了四个。究其原因是未来人搞的《世界毁灭游戏》，面对英寿和世界的危机，太狸、猫猫、牛牛、狼姐、老爷爷和南瓜熊也参战，在着奇想之外的展开中，黑色的极狐出现了，究竟英寿和世界的命运会如何？

　　碧海蓝天、安逸舒适的港口城市杜王町，在过去三年里相继发生离奇诡异的死亡事件。一时间天堂变成地狱，人人自危。废柴男生广濑康一（神木隆之介 饰）上学路上遭到不良少年刁难，不过却由此结识了同班同学东方仗助（山崎贤人 饰）。留着飞机头的东方仗助拥有神秘的“替身”，这让他和他人截然不同。他通过“替身”制止了一场便利店抢劫案，结果反被连续杀人事件的制造者安杰洛——片桐安十郎（山田孝之 饰）盯上。不久后，名叫空条承太郎（伊势谷友介 饰）的男子来到杜王町，东方由此知道了自己的身世。与此同时，名叫虹村形兆（冈田将生 饰）且拥有替身能力的男人露出了他的爪牙，一场大战在所难免……
　　本片根据荒木飞吕彦的同名漫画改编。