经过连番精彩激烈的关东霸权之争，继承了三国武将灵魂的斗士们总算迎来了短暂的休憩时刻。在此期间，孙策伯符率领南阳学院的伙伴们前往京都进行名为“集锷旅行”的修行之旅。此行的目的，是为了让大家在全日本灵力最强的京都为各自的勾玉补充灵力。一次意外，让刘备玄德的成都学院和曹操孟德的许昌学院卷了进来，三国势力在京都拉开阵仗。与此同时，京都还盘桓着继承了日本战国武将魂魄的斗士，他们灵力的来源不是勾玉，而是刀之锷。新的战场，新的对手，全新的战斗就此拉开序幕……                                    
                               　　本片为根据塩崎雄二原著漫画《一骑当千》改编的动画首次独立发行的OVA作品。

　　為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。

小野寺律（近藤隆 配音）和高野政宗（小西克幸 配音）的故事仍在继续。绿宝石编辑的工作依然很忙，但律已渐渐适应漫画编辑部的工作，自己也越来越感受到这份工作的乐趣。令他困扰的事仍然是高野先生。十年前的初恋现在仍在对自己说喜欢，且了解到当初的分离只是一场误会。但律心中就是有解不开的疙瘩。譬如高野先生和横泽隆史（堀内贤雄 配音）曾交往过的这段不容忽视的事实，还有来自律家庭方面的因素。但感情不受理性的控制，不知该说什么，心砰砰直跳，要费很大的力气才能压抑出心中的“我喜欢你”这几次蹦出。但比起第一季，二人的关系终于有所进步，但距离他们坠入爱河，似乎还有不少的天数。                                  　另外两对，吉野千秋（立花慎之介 配音）和羽鸟芳雪（中村悠一 配音），木佐翔太（冈本信彦 配音）和雪名皇（前野智昭 配音），他们的恋爱故事也仍在继续。

　　沢渡枫（竹达彩奈 配音）幼年时不幸的失去了父亲，在悲痛中，坚强的她决定拾起父亲最爱的相机，通过摄影来完成对父亲的回忆和思念。在某一次拍摄中，枫偶然发现了一种名为“玉响”的光芒，为了捕捉这能够让人得到幸福的神迹，枫彻底的走上了摄影的道路。
　　这一天，枫来到了父亲曾经生活过的小镇竹原市，在这里，她要开始她崭新的高中生活。在学校里，枫结识了一群个性可爱的朋友们。虽然毒舌但十分关心枫的塙薰（阿澄佳奈 配音），性格害羞但一直为了完成梦想而努力的樱田麻音（仪武佑子 配音）以及个性大大咧咧但心思其实十分细腻的冈崎乃理惠（井口裕香 配音），枫决定要用相机为她们制造出最美丽的玉响。一段单纯快乐的友情在少女之间展开了。

时隔仅仅半年时间，居住在埼玉县上尾市的丸井家三胞胎：长女三叶（高垣彩陽配音）、（明坂聡美配音）、三女一叶（戸松遥配音）卷土重来。三叶继续将自己的御姐女王气质以及S向趣味发扬光大，而减肥和贪嘴仍是她持续面对的重要难题；双叶目测胸围的段数不断提升，其天然呆可爱气质又让人生出暖暖的感觉；一叶的阴郁不断加深，诅咒的本领也越来越强。搞笑故事不断升级，丸井三姐妹再次为观众们带来了无穷多的乐趣……本片根据桜井のりお的搞笑萌系漫画改编，第二波TV动画版仅在电视台播送了8话，另有未公开的4话附于随后发行的DVD套装中ddd

　　结城新十郎（胜地凉 配音）是一名侦探，在得力助手因果（丰崎爱生 配音）的帮助下，破解了一个又一个神秘诡异的案件。从表面上看来，因果是一个俊俏的少年，但他的真身是一个能够吞噬灵魂的神秘女人。而所发生的一连串案件，似乎和因果特殊的能力脱不了干系。
　　新十郎的竞争对手海胜麟六（三木真一郎 配音），经常将父亲麟六的情报透露给新十郎的可爱少女梨江（山本希望 配音），强势能干的检察官虎山泉（本田贵子 配音），警察局课长速水星玄（入野自由 配音），一个又一个亦敌亦友的角色出现在了新十郎的周围，而在他们交织的背影之后，隐藏了一个惊人的秘密。

　　中国大陆第一部主题为环保的Q版超人动画，本片旨在通过超人对抗不同污染源形成的怪兽，增加小朋友对污染形成和保护环境的知识，寓教于乐。