琴(法米克·詹森FamkeJanssen饰)的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根(休·杰克曼HughJackman饰)恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女(哈莉·贝瑞HalleBerry饰)和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王(伊安·麦克莱恩IanMcKellen饰)四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授(帕特里克·斯图尔特PatrickStewart饰)和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…

19世纪80年代，美国帝国主义四出扩张，对殖民地进行疯狂的洗掠。一时间，殖民地人民纷纷建立起了反抗军，对抗美帝国主义。墨西哥当时也是美帝的殖民地，萨拉（萨尔玛•海耶克 Salma Hayek 饰）是当地一位银行家的女儿，虽然自小就被精心培养成标准的“欧洲淑女”。但萨拉却是一身豪气侠胆，被美帝夺取了家里的财产后，萨拉开始了武装抢劫美帝的银行之旅。

　　在神秘的南极冰层里，发掘出星际之门建造者遗弃的基地。星际之门亚特兰蒂斯小队应召执行一次冒险性最大的星际之门任务——前往遥远的天马星系。
　　亚特兰蒂斯小队遭遇古代人类文明的袭击...包括不断威胁人类生命无处不在的新敌人——The Wraith.
　　Elizabeth Weir博士是亚特兰蒂斯小队的队长，她是一个外交关系专家。她拥有出色的政治才能，但在军事上喜欢虚张声势，在军队里面担任少校之职。John Sheppard是一个天资聪颖的驾驶员。陆军少尉Aiden Ford担任副驾驶员，他是一个年轻热情的军官。Rodney McKay博士是一个聪明机智的天体物理学家，曾在星际之门司令部任职。飞船上还有一位朋友——Teyla，她是天马星系Arhosian人年轻漂亮的领袖，与亚特兰蒂斯小队一起跟The Wraith战斗。
　　在新的一季中加入了许多新面孔，他们之中最引人注意的是Ronan Dex，一个为了捍卫自己的星球而与The Wraith抗争7年的天马星系人。还有地球最新型的银河战斗巡洋舰Daedalus--代达罗斯号的司令官，Steven Caldwell上校。
　　新的一季新的冒险，Atlantis的冒险再度归来，带领你探索深奥的宇宙.