经过上一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇，打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽在逃亡途中被枪杀。为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇。

经过上一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇，打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽在逃亡途中被枪杀。为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇。

盖茨家族是出名的冒险家家族。本（尼古拉斯•凯奇 Nicolas Cage 饰）小时候就获悉了他们家族的一个惊天秘密：美国开国时埋藏国家财富的地点就藏在《独立宣言》中。尽管父亲不想盖茨家族在纠缠于国家宝藏，但本还是与电脑高手雷利（贾斯汀•巴萨 Justin Bartha 饰）一起开始了寻宝行动。本的寻宝计划很快陷入了僵局。与此同时，英国富豪伊恩（肖恩•宾 Sean Bean 饰）也盯上了这个宝藏，他派人潜入了美国国家图书找寻《独立宣言》中宝藏的秘密并密谋对付本。图书馆的艾比嘉尔博士（戴安•克鲁格 Diane Kruger 饰）获悉了伊恩的险恶用心后，决心帮助本找到国家宝藏…

一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作歹。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）和搭档史酷比（Neil Fanning 配音）却被告知留守公司，不必参加行动。