明朝年间，兵部尚书麾下的百户段天昊为查出倭寇与阉党勾结销赃的证据，加入锦衣卫，几年来一直潜藏在太监总管张公公身边。就在他终于得到线索，准备与多年兄弟总旗苏子峪里应外合抓住犯人时，兵部尚书刘大人得到阉党利用倭寇陷害福州知府的线报，并派出段天昊的弟弟段天麟到倭寇处卧底。段天昊与苏子峪只得放弃到手的功劳，前往福州，却不曾料到竟是一场有去无回的凶险之旅。
烽烟四起，烟沙弥漫，仙魔两族相对而立，杀意冲天。 两族对战，死伤无数，圣母梵天以己身为祭，封印魔族，终止了一切。仙族虽胜却几近覆灭，昆仑掌门玉清子也为救小弟子而死，惨胜之后，三界恢复平静，两门以休养生息。而那个被救的小弟子萧何，却在五百年后，众人意料之内地不学无术又在众人意料之外地有了成长。 五百年，修仙无岁月，三界平静多年，只偶尔有小妖出没，萧何带着几个徒弟过着有事收收妖，没事和峨眉女弟子原幼清谈谈地下恋情的闲散生活。直至一日，已经身死的玉清子出现在萧何面前时，阴谋拉开，并且一切都偏离了原本，变得危险且无法控制……@
二十年前长孙家遭八大高手灭门，长孙盈、长孙卿带着家传武学从秘道逃脱后，追随拜火教主东方彬，分别化名孙盈、王太白，自此决心杀八大高手报仇。段小峰与王非烟继续查案，亲眼目睹蔡上将殒命，又接到了长春子的死讯。灰心丧气的段小峰回到京师偶遇假装被卖到沙洪帮的孙盈，将其带回叶家安置，当孙盈决定放弃杀叶无忌正准备离开时，却被叶无忌发现其真实身份。二人决战欲做了断，战后两败俱伤。身负重伤的叶无忌回家途中被王太白暗害。峨眉派逍遥子到六扇门奔丧，段小峰从其伤口发现，这正是那夜追杀他们的黑衣人。明白了一切的段小峰携王非烟前往拜火教总坛光明峰。正邪两派人马、以及两拨凶手齐聚，此案的真相以及二十年前的秘密被一一揭开。
北宋年间，花和尚鲁智深三拳打死了镇关西，逃至五台山文殊院落发为僧。却因控制不住杀念，被长老安排至东京汴梁大相国寺潜心修道。在这途中，他屡见世间不平之事却难以出手，因内心的对过往杀孽的忏悔而深受煎熬。终于，在目睹了官贼相护残杀无辜的可怕恶行之后，怀着报仇之愤的他拾起禅杖陷入疯魔.......
